Covid-19 : ça s’en va et ça revient

Préparer la campagne de vaccination

Face au regain de l'épidémie de Covid-19, « la priorité est de comprendre le nouveau variant et de préparer la campagne de vaccination », a jugé la Pre Brigitte Autran, présidente du Comité de veille et d'anticipation des risques sanitaires (Covars) dans une interview à Libération, mercredi 23 août. Un nouveau variant, BA.2.86, membre de la famille Omicron, est surveillé attentivement par l'Organisation mondiale de la sanré (OMS) en raison d'un « plus grand nombre de mutations » le rendant « susceptible d'évoluer de façon plus importante et de se répandre plus facilement », a-t-elle rappelé. « Il a été détecté au Danemark, en Israël et aux États-Unis, mais il n'est pas encore présent en France », a ajouté la présidente du Covars. Quant au variant EG.5.1, surnommé Eris par certains scientifiques et découlant de la branche XBB.1.5, « on n'exclut pas qu'il devienne majoritaire » mais « nous n'avons pas de signes d'une gravité particulière », a-t-elle déclaré. « Et les premières données scientifiques suggèrent qu'il est sensible aux nouveaux vaccins qui seront disponibles au début de l'automne », a noté Brigitte Autran. Pour la nouvelle campagne de vaccination, trois vaccins seront disponibles et « proposés aux populations à risque » : « deux vaccins à ARN messager mis au point pendant le printemps par les laboratoires Pfizer et Moderna ainsi qu'un vaccin aux particules recombinantes, développé par Novavax en suivant les préconisations de l'OMS ». Pour « mieux affronter la période hivernale », l'OMS a préconisé, en juin, la mise au point de vaccins ciblant le variant alors le plus répandu, XBB.1.5. Interrogée sur un retour du port du masque obligatoire, Brigitte Autran a estimé qu’il pourrait être « envisagé si on repassait dans une phase épidémique intensive, mais pour l'instant, on n'en est pas là ». Quant au système de surveillance de la Covid-19, allégé et actuellement « proche de celui de la grippe », « il est prévu que pendant l'automne (...) le système soit réajusté pour faire face de manière optimale à une amplification des risques », a-t-elle précisé. La France est depuis longtemps sortie du cadre législatif de l'urgence sanitaire, « les mesures telles que les prescriptions et les remboursements ou encore le séquençage de tests se déploient par paliers ».

Incidence légère

Santé publique France (SpF) a publié un point de situation au 16 août 2023 sur l’évolution du nombre de cas de Covid-19 en France dans le cadre de son dispositif de surveillance de l’épidémie. SpF parle dans son bulletin d’une « incidence en légère hausse dans toutes les classes d’âge », et explique que « la vigilance se poursuit ». Sur la période du 7 au 13 août 2023, « la légère augmentation des indicateurs déjà observée les semaines précédentes se poursuit, mais les indicateurs restent toujours à des niveaux faibles. SpF explique que « l’incidence de la Covid-19 en France montre une augmentation de 60 % par rapport à la semaine 31 passant de 7,7 à 12,3 cas confirmés en laboratoire pour 100 000 habitants, restant toutefois à des niveaux très faibles (…). Le taux d’incidence augmente dans toutes les classes d’âge, mais est le plus élevé chez les 80 ans et plus (taux d’incidence de 51,2 chez les 90+ et 32,7 chez les 80-89 ans). La plupart des cas positifs confirmés en laboratoire au cours de la semaine 32 (période du 7 au 13 août) provient des mêmes cinq régions que la semaine précédente : Île-de-France (1 157 cas), Nouvelle Aquitaine (1 134 cas), Occitanie (1 075 cas), Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA, 1 015 cas) et Auvergne-Rhône-Alpes (926 cas).
« La circulation de la Covid est certes faible en France mais il nous faut rester vigilants, car la situation évolue rapidement (...) nous devrons, encore plusieurs saisons, vivre avec les résurgences de ce virus », a déclaré, mi-août, le ministre de la Santé et de la Prévention, Aurélien Rousseau, à l’Agence France Presse. Sur le territoire français, les passages aux urgences pour suspicion de Covid ont grimpé, selon des données de Santé publique France (SpF). Une reprise de l'épidémie est aussi rapportée aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Inde ou au Japon.

Nouveau variant sous surveillance

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) surveille de près un nouveau variant du virus de la Covid-19, le BA.2.86, en raison « du très grand nombre (il est supérieur à 30) de mutations du gène Spike qu'il porte », eut-on lire dans le bulletin épidémiologique de l’OMS du 17 août. Dans un récent communiqué, l’OMS déplore un« désarmement » général. Elle souligne la nécessité de poursuivre la surveillance, le séquençage et la notification de cas de Covid. « Or la plupart des États qui avaient mis en place des dispositifs de surveillance spécifiques les ont en général démantelés, estimant que la menace était désormais moins sévère et ne justifiait plus ces dépenses », souligne le Quotidien du Médecin (18 août). Reste que le virus continue de circuler : entre le 17 juillet et le 13 août 2023, plus de 1,4 million de nouveaux cas de Covid-19 et plus de 2 300 décès ont été notifiés, selon le bulletin épidémiologique de l'OMS. Cela représente respectivement une augmentation de 63 % et une diminution de 56 %, par rapport au mois précédent.

Campagne vaccinale à l'automne

Côté stratégie de santé, la vaccination reste cruciale. L'OMS a récemment exhorté à « intensifier les efforts pour augmenter la couverture vaccinale ». Si les vaccins anti-Covid perdent au fil du temps en efficacité face aux infections, ils sont jugés encore très protecteurs contre les formes graves. Pour mieux coller aux mutations du virus, les groupes pharmaceutiques Pfizer-BioNTech, Moderna et Novavax préparent désormais des vaccins ciblant la lignée XBB, comme l'a recommandé l'OMS au printemps dernier. Dans plusieurs pays, dont la France, des campagnes vaccinales centrées sur les plus vulnérables sont prévues cet automne, couplées avec celles contre la grippe, comme c’était déjà le cas la saison dernière. Concrètement, en France, une campagne de rappel vaccinal contre le Covid-19 sera lancée cet automne à destination des personnes à risque. Elle sera lancée le 17 octobre en métropole, Guadeloupe, Martinique et Guyane, et le 6 septembre à Mayotte, détaille une note interministérielle publiée fin juillet. Le gouvernement suit ainsi les recommandations de la Haute autorité de santé (HAS), qui l’avait encouragé à organiser cette nouvelle campagne dans une note publiée en février. « Les études montrent que l’administration d’une dose de rappel » apporte « une protection supplémentaire contre la survenue d’infections symptomatiques […], les hospitalisations […] et les décès », argumente la HAS. L’injection d’un vaccin contre la Covid-19 pourra être réalisée conjointement à celle d’un vaccin contre la grippe Les deux pourront être « pratiquées dans un même temps », par exemple une sur chaque bras, précise la note interministérielle. Cette campagne de rappel ne sera pas obligatoire. Elle est surtout destinée au public à risque, soit : les personnes immunodéprimées, les personnes présentant des comorbidités (obésité, diabète, etc.), les personnes âgées de plus de 65 ans et les femmes enceintes. Les professionnels-les de santé en contact avec les personnes à risque sont également incités-es à recevoir leur dose de rappel. La seule condition est de respecter un délai d’au moins six mois entre cette nouvelle injection, et la dernière infection ou vaccination contre la Covid-19.

Deux types majeurs de Covid long

En mai 2020, la première vague de l’épidémie touche à sa fin. À cette époque, on constate la persistance de certains symptômes de la Covid-19 plusieurs semaines ou mois après l’infection. On ne donne pas de nom au phénomène, mais aujourd’hui, on parle de « Covid long » (ou de syndrome post-Covid-19) comme l’explique l’institut Pasteur. Ce phénomène touche plus de 20 % des patients-es après cinq semaines, et plus de 10 % des patients après trois mois. Les formes graves ou sévères de l’infection initiale par le Sars-CoV-2 semblent être des facteurs de risque impliqués dans la survenue de ce Covid long. Les symptômes prolongés dont se plaignent le plus fréquemment les patients-e à la suite d’une Covid-19 sont une fatigue pouvant être sévère, des troubles neurologiques (perte du goût, de l’odorat, maux de tête voire déclin cognitif), des troubles cardiaques et respiratoires, des troubles digestifs ou encore des troubles psychiatriques et des manifestations cutanées. Les traitements actuels sont essentiellement symptomatiques : rééducation et réadaptation sont privilégiées, souvent accompagnées d’un soutien psychologique. Le repositionnement de certains médicaments, utilisés pour traiter des symptômes similaires dans le cadre d’autres pathologies, est à l’étude. Les mécanismes biologiques à l’origine de la phase aigüe de la Covid-19 sont bien documentés aujourd’hui. En revanche, ceux à l’origine du Covid long restent mal compris. « Un dysfonctionnement du système immunitaire est notamment suspecté et pourrait être à l‘origine de la persistance des symptômes », explique l’institut Pasteur. Deux grandes hypothèses sont généralement avancées : une réponse immunitaire insuffisante qui empêche l’organisme d’éliminer complètement le virus ou, au contraire, une réponse immunitaire excessive qui entraîne des dommages inflammatoires. Dans un cas, le système immunitaire n’en ferait pas assez, dans l’autre, il en ferait trop. Pour tenter d’y voir plus clair, des scientifiques de l’Institut Pasteur, du CNRS et de l’Inserm, en collaboration avec des cliniciens de l’AP-HP, ont analysé chez des personnes atteintes de Covid long la production d’anticorps et la présence de cellules T antivirales. Près d’un tiers des malades présentent une réponse immunitaire très faible, tandis que les autres montrent une réponse au moins aussi forte que les personnes totalement rétablies de la Covid-19, explique le communiqué des chercheurs-ses. En d’autres termes, aucune des deux hypothèses ne s’avère exclusive. « Nos résultats suggèrent qu’il existe plusieurs types de Covid long, caractérisés soit par une réponse antivirale insuffisante, soit par une réponse antivirale excessive », explique ainsi Lisa Chakrabarti, chercheuse au sein de l’unité « Virus et immunité ». Ce travail de recherche tend à démontrer l’existence de plusieurs types de Covid long. Il ouvre, par ailleurs, la voie à une meilleure prise en charge des personnes présentant ce syndrome, explique l’institut Pasteur. Dans le cadre de cette étude, les scientifiques ont, en effet, dû mettre en œuvre des tests immunologiques particulièrement sensibles pour détecter une réponse immunitaire chez les patients-es avec Covid long « faibles répondeurs », pour lesquels le test standard de recherche d'anticorps était négatif. Des traces de réponses ont ainsi été retrouvées chez plus de la moitié des patients-es qui avaient été classés-es comme séronégatifs-ves. « S’ils sont validés, ces tests de laboratoire plus sensibles pourraient être utilisés pour aider les patients séronégatifs à documenter leur infection, et permettraient donc de faciliter leur accès aux soins médicaux », affirme Lisa Chakrabarti. Une piste sérieuse pour identifier avec plus de certitude les personnes souffrant du Covid long. Rien qu’en France, un million de personnes seraient concernées par ces symptômes persistants.
Source : Divergent adaptive immune responses define two types of long Covid, Frontiers in Immunology, 20 juillet 2023